甘南羊肚菌主产区合作市、迭部县、卓尼县、舟曲县、临潭县、夏河县、碌曲县属高寒湿润类型，冷季长，暖季短，年均气温零下0.5℃到3.5℃，极端最高气温28℃，极端最低气温-23℃。年均降水量545毫米，集中于7、8、9月， 太阳能非常丰富，全年日照充足，日照时数平均为2242.2小时。

甘南境内植被覆盖率为80%以上，植物物种丰富。境内的白龙江流域其中森林覆盖率达60%，植被覆盖率达88%，是迄今为止甘川地区保存最好的原始森林区，也是长江上游的重点水源涵养林区和青藏高原东部重要的绿色生态屏障。乔、灌木达140多种，活立木蓄积量4670.9万立方米，是甘肃省主要木材生产基地之一。浩瀚的森林中，出产的野生菌类植物猴头、狼肚、蘑菇、珊瑚菌及蕨菜蜚声中外。有127种野生药材植物，中药材总量在3200吨以上。境内的洮河流域、大夏河流域森林覆盖率也在50～60%左右。

甘南州境内植被丰富，污染小，自然生态环境优越，空气清新，被誉为纯净圣洁、世人仰慕的“人间仙境”。据监测，甘南空气质量优良率为100%，长期保持优良水平。主要检测项目二氧化硫、二氧化氮等6项指标达到《环境空气质量标准》二级标准，环境空气质量优良。优良天数超出全省平均水平，空气质量综合指数保持在全省前列。

甘南藏族自治州境内的主要河流有黄河、洮河、大夏河和白龙江（统称三河一江），分属黄河水系和长江水系。水能资源蕴藏丰富，而且矿物质含量高，未受任何化学和生活垃圾的污染，饮用水源地水质标准为100%。 甘南藏族自治州境地域属西秦岭褶皱带，地质构造体系主要属秦岭东西向构造，质构造呈浅海陆棚相沉积，间或有火山岩沉积及岩浆侵入。甘南州境内土壤富含多种有机质，土壤中重金属含量远低于根据规定的范围，无任何农药及人工合成物种的残留，土质非常适合羊肚菌的生长。